對于分子量大的樣品，如大分子核酸、病毒等，一般采用孔徑較大的瓊脂糖凝膠進行電泳分離。
瓊脂糖是由半乳糖及其衍生物構成的中性物質，不帶電荷。瓊脂糖是直鏈多糖，它由D-半乳糖和3,6-脫水-L-半乳糖的殘基交替排列組成
瓊脂糖與瓊脂的區別
瓊脂是由瓊脂糖（agarose）和瓊脂果膠（agaropectin）組成的。瓊脂糖的結構單元是 D-半乳糖和3.6-脫水-L-半乳糖；瓊脂果膠是由許多更小的分子組成的異質混合物。它們的結構相似，但瓊脂果膠帶硫酸根和羧基組分，凝膠能力差。 在瓊脂糖制備過程中需要把瓊脂果膠盡量去除，否則瓊脂糖有可能存在極微量硫酸根和丙酮酸取代電離基團，就會造成電內滲，電內滲對質點的移動產生影響。質量較好的瓊脂糖硫酸根含量比較低，通常在0.2%以下，電內滲比較小，通常在0.13%以下。 簡言之，瓊脂糖是從瓊脂中精細提取的，有自身獨特的性質，所以瓊脂糖要比瓊脂貴得多。
瓊脂糖凝膠電泳：實驗原理
1.DNA分子在堿性緩沖液中帶負電荷，在外加電場作用下向正極泳動。
2.DNA分子在瓊脂糖凝膠中泳動時，有電荷效應與分子篩效應。不同DNA的分子量大小及構型不同，電泳時的泳動率就不同，從而分出不同的區帶。
3.DNA 分子的遷移速度與相對分子質量的對數值成反比關系。凝膠電泳不僅可分離不同相對分子質量的DNA ，也可以分離相對分子質量相同，但構型不同的DNA 分子。
瓊脂糖凝膠電泳
1. 根據電泳需要，配置合適濃度的電泳及制膠緩沖液。一般為 1× TAE或0.5×TBE。 注意：用于電泳的緩沖液和用于制膠的緩沖液必須是相同的。
2. 根據制膠量及凝膠濃度，在加有一定量的電泳緩沖液的三角錐瓶中，加入準確稱量的瓊脂糖粉。 注意：總液體量不宜超過三角錐瓶的50%容量。
3. 在微波爐中加熱溶解瓊脂糖應注意：瓊脂糖充分完全溶解，否則，會造成電泳圖像模糊不清。加熱時如膠液劇烈沸騰發泡，停止加熱。微波爐中加熱時間不宜過長。
4.使溶液冷卻至60℃左右，如需要可在此時加入溴化乙錠(EB)溶液使其終濃度為0.5ug/ml，并充分混勻——不提倡使用。 注意：溴化乙錠是一種致癌物質。使用含有溴化乙錠的溶液時，請戴用手套。溴化乙錠在可見光下會分解。
5.將瓊脂糖溶液倒入制膠模中，然后在適當位置處插上梳子。凝膠厚度一般在5－8 mm 之間。 注意：不要產生氣泡，溶液溫度太高(>60℃)，會使得水分 過分蒸發，改變凝膠離子濃度，影響電泳效果。
6.在室溫下使膠凝固（大約30 分鐘），然后放置于電泳槽中進行電泳。 注意：凝膠不立即使用時，用保鮮膜將凝膠包好在4℃下保存，或者放在制膠的緩沖液中，一般可保存2～5 天。
瓊脂糖凝膠電泳
1 儀 器：水平電泳儀、中低壓電泳儀電源、凝膠成像 分析系統 2 配套試劑：
（1）介 質：瓊脂糖凝膠
（2）緩沖液：TAE緩沖溶液（Tris堿、乙二胺四乙酸 二鈉二水、冰乙酸） TBE緩沖溶液（ Tris堿、乙二胺四乙酸 二鈉二水、硼酸）
（3）上樣緩沖液： 6×DNA Loading Buffer（DNA樣 品專用包含：EDTA、甘油、二甲苯青 、溴酚藍）
（4）染 料： EB\ Gelred \ goldview \ GenGreen \ GenView \SYBRGreen等熒光染料
5 耗材： 滅菌的白槍頭、黃槍頭、藍槍頭、200ul\500ul\1.5ml離 心管等 6 DNA Marker 根據待測物分子量來定
瓊脂糖凝膠電泳緩沖液
有幾種緩沖液適用于天然雙鏈DNA的電泳 Tris-乙酸鹽和EDTA緩沖液（TAE) Tris-硼酸鹽緩沖液(TBE) Tris-磷酸鹽緩沖液(TPE)
瓊脂糖凝膠緩沖液
瓊脂糖凝膠緩沖液
三者之中，TAE的緩沖能力最低，雙鏈線狀DNA片段在TAE中比在TBE或TPE中遷移快10%,對于高分子量的DNA，TAE的分辨率略高于TBE或TPE，對于低分子質量的DNA，TAE要差些。用于分析復雜基因組的Southern印跡均用TAE電泳緩沖液制備凝膠和電泳。超螺旋DNA在TAE中的電泳分辨率要好于TBE。
瓊脂糖凝膠緩沖液
TBE可以使用2-3次左右，而TAE用1-2次就要更換。電泳緩沖液多次使用后，離子強度降低，pH值上升，緩沖性能下降，可能使DNA條帶模糊或不規則DNA帶遷移。 電泳緩沖液剛好沒過凝膠1-2mm為好，太多則電流加大，凝膠發熱。
瓊脂糖凝膠上樣緩沖液
上樣緩沖液是上樣時與樣品一起加入泳道的。上樣緩沖液有三個作用：
1）增加樣品密度；
2）使樣品帶有顏色，便于上樣操作；
3）其中的指示劑在電場中以可以預測的泳動速率 向陽極遷移。 上樣緩沖液有幾種，但使用的指示劑基本都包括溴酚藍和二甲苯氰FF。
瓊脂糖凝膠上樣緩沖液
溴酚藍在瓊脂糖凝膠中遷移速率是二甲苯氰FF的2.2倍，這一特性與瓊脂糖凝膠的濃度無關； 在0.5×TBE瓊脂糖凝膠電泳中溴酚藍的速率約與長約300bp的線性雙鏈DNA相同，在0.5%-1.4%濃度的瓊脂糖凝膠中基本不會變化。 含有的甘油可以加大樣品的密度，使其大于TAE的濃度而沉降到點樣孔中，防止樣品飄出點樣孔
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